Erkek üreme organı olan penis, çeşitli hastalıklara karşı savunmasız kalabilir. Bu hastalıklar enfeksiyonlardan deri sorunlarına, hatta kansere kadar geniş bir yelpazede yer alabilir. Bu durumun başlıca sebepleri arasında kişinin genç yaşta olması, cinsel olarak aktif olması ve çok partner değiştirmesi sayılabilir. Ayrıca, genetik faktörler ve bilinçsiz davranışlar da önemli bir rol oynar. Alerjik reaksiyonlar da penis hastalıklarına yol açabilir; örneğin, bazı kondom ve prezervatiflerde bulunan kimyasal maddeler cinsel bölgedeki deriyi olumsuz etkileyebilir.

Yukarıda belirtilen penis hastalıklarının çoğu ilaç tedavisi ile önlenebilir. Ancak tümör ve penis kanseri ameliyat gerektiren hastalıklar arasındadır. Dikkat edilmesi gereken önemli bir nokta, ilaç ve uzman doktor kontrolünde tedavi edilebilecek hastalıkların ihmal edilmesi durumunda penis kanserine yol açabileceğidir.

Fiziksel anomaliler nedeniyle de penis hastalıkları görülebilir. Bu durumlar arasında penisin doğuştan çok küçük veya çok büyük olması, şekil bozuklukları, idrar yolunun dar olması, nadiren iki penisli olma durumu ve penisin hiç olmaması sayılabilir. Genellikle bu sorunlarda ameliyat tercih edilirken, ilaç tedavisi de uygulanabilir. Fiziksel sorun, hastanın sağlığını riske atacak boyutta değilse ve hastanın inisiyatifine bırakılacaksa, bazı tetkikler yapılır ve müdahale ilaç veya bilinçlendirme yoluyla sınırlı kalır. Ancak sağlık tehdidi varsa ve kişi rahatsızlık duyuyorsa ameliyat ile müdahale edilir. Örneğin, penisin kendiliğinden sertleşmesi ve uzun süreli ağrıya yol açması durumunda cerrahi bir müdahale ile biriken kan pıhtısı alınır ve hasta eski sağlığına kavuşur.

Fiziksel veya cinsel yollarla oluşan penis hastalıklarının önüne geçmenin temel şartı bilinçlenmektir. Cinsel organın ve genital bölgenin temizliği başta olmak üzere, verebileceği rahatsızlıklar hem fiziksel hem de ruhsal açıdan kişiyi olumsuz etkileyebilir. Herkes için geçerli olmasa da, bir erkeğin hayatı boyunca cinsel olarak aktif olduğu dönem göz önüne alındığında, dikkat etmesi gereken az ama önemli faktörler bulunmaktadır. Sonuç olarak, kişinin üreme organı ve idrar atımı için kullandığı penisi ihmal edildiğinde ciddi sağlık sorunlarına yol açabilir.